公司扣除社保补贴的行为是否合法，需结合具体法律法规条款分析。
根据《女职工劳动保护特别规定》第八条，女职工产假期间的生育津贴，已参保的由生育保险基金按单位上年度职工月均工资支付，未参保的由单位按产假前工资支付；《社会保险法》第五十三条规定，职工参加生育保险由单位缴纳保费，职工不缴。单位在产假期间缴纳社保是法定义务，生育津贴是对女职工产假工资的替代，两者性质不同。公司扣除“社保补贴”（无论单位或个人部分相关）无法律依据，因此该扣除行为违反上述法规，属违法行为。
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关于公司在生育津贴中扣除产假期间社保补贴的合法性问题，核心结论明确。
公司发放生育津贴时扣除产假期间的社保补贴不合法。
1. 若单位扣除的是单位应缴的社保部分：根据法律规定，单位在女职工产假期间需正常缴纳社保（含单位应缴部分），该费用属单位法定义务，不得从生育津贴中扣除。
2. 若单位扣除的是个人应缴的社保部分：需结合具体情况判断，若单位已从生育津贴中代缴个人部分且有明确告知，可能不涉及违法，但扣除“补贴”（如单位额外发放的社保相关补贴）仍不合法。
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实践中，部分女职工可能因对法律规定不熟悉采取错误操作，影响权益维护。
1. 默认扣除行为不维权：部分女职工认为“单位规定不可更改”，未及时提出异议，导致超过1年劳动仲裁时效，丧失胜诉权。
2. 未核实扣除明细直接投诉：若未区分单位扣除的是“单位应缴社保”还是“个人应缴社保”，可能因事实不清导致投诉或仲裁被驳回。
3. 随意签署放弃权益的文件：在单位诱导下签署“同意扣除社保补贴”的协议，即使协议内容违法，也可能增加维权难度。
若您已出现类似错误操作，或不确定如何补救，建议及时咨询律师调整维权策略。
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某些特殊情况可能影响该问题的处理结果，需特别注意。
1. 单位误将“个人应缴社保”称为“社保补贴”扣除：若单位实际扣除的是女职工个人应缴的社保部分（且已代缴至社保账户），仅名目错误称为“补贴”，需先核实扣除性质。若确为代缴个人部分，女职工需承担该费用，但单位需明确告知，否则仍可能因程序不当被要求补正。
2. 单位未依法缴纳生育保险：若单位未为女职工缴纳生育保险，生育津贴需由单位按产假前工资标准支付。此时单位扣除“社保补贴”，可能同时违反生育津贴支付义务和社保缴纳义务，女职工可主张双倍权益（支付全额生育津贴+退还扣除部分）。
3. 双方签订书面协议约定扣除：若女职工与单位签订协议同意扣除社保补贴，但协议内容违反法律强制性规定，该协议无效，女职工仍可主张退还扣除部分，但需举证协议存在胁迫或重大误解等情形。

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